W okresie międzywojennym realizowano dwa programy kształcenia. Jeden, oparty na wzorach niemieckich i zarzucony w 1927 r., umożliwiał ukończenie nauki i zdobycie uprawnień aptekarza aprobowanego osobom, które wcześniej rozpoczęły studia farmaceutyczne na uniwersytetach niemieckich. Drugi program, realizowany do wybuchu II wojny światowej, odpowiadał nowoczesnym standardom nauczania wprowadzonym we Francji.
Jako pierwsza została utworzona Katedra Farmacji Stosowanej, której kierownikiem został mgr farm. Adam Jurkowski (1885-1953), a następnie Katedra Farmakognozji i Botaniki, którą objął mgr farm. Stanisław Biernacki (1875-1931).
Właściwą organizacją studiów zajął się prof. chemii Konstanty Hrynakowski (1878-1938), wcześniej pracujący w Wyższej Królewskiej Szkole Technicznej w Sztokholmie. Wobec braku jakichkolwiek pomieszczeń przeznaczonych dla zakładów naukowych farmacji, prof. K. Hrynakowski zajął, zaadaptował i wyposażył piwnice Zamku Poznańskiego, lokując tu pracownie dydaktyczne, naukowe, bibliotekę i Muzeum Przemysłu Farmaceutycznego.
W 1925 r. zreorganizowano Katedrę Farmakognozji i Botaniki dzieląc ją na Katedrę Farmakognozji (obejmowaną przez – wtedy prof. nadzw. – S. Biernackiego) oraz Katedrę Botaniki i Uprawy Roślin Lekarskich, którą objął prof. botaniki Jan Dobrowolski (1886-1958), wcześniej pracujący na Uniwersytecie Warszawskim. Prof. J. Dobrowolski wraz z inż. Marią Chmielińską zorganizował nowoczesny Ogród Roślin Lekarskich na Sołaczu.
Pierwszym dyrektorem Oddziału Farmaceutycznego był prof. K. Hrynakowski, kierownik Katedry Chemii Farmaceutycznej, rzecznik wszechstronnego kształcenia farmaceutów, opartego na wiedzy chemicznej i przygotowującego do pracy w aptekach, przemyśle farmaceutycznym lub spożywczym, sądownictwie, szkolnictwie etc. Ten nowoczesny, czteroletni program realizowano w katedrach, zakładach i pracowniach należących do Oddziału Farmaceutycznego oraz poprzez zlecanie dydaktyki innym zakładom Wydziałów: Matematyczno-Przyrodniczego, Lekarskiego, Prawnego etc.
W latach trzydziestych zakłady farmaceutyczne znalazły godną siedzibę we współprojektowanym przez prof. K. Hrynakowskiego Coll. Chemicum przy ul. Grunwaldzkiej oraz w nieistniejącym już Coll. Raciborskiego przy ul Słowackiego.
Chociaż podczas II wojny światowej i walk o wyzwolenie Poznania siedziby i mienie zakładów farmaceutycznych zostało doszczętnie zniszczone, już w maju 1945 r. reaktywowano zajęcia dydaktyczne. W dniu 1 października 1947 r. Oddział przekształcono w Wydział Farmaceutyczny, którego pierwszym dziekanem został prof. J. Dobrowolski. Z dniem 1 stycznia 1950 r. Wydział Farmaceutyczny włączono w struktury nowo powstałej Akademii Lekarskiej, w marcu tego roku przemianowanej na Akademię Medyczną.
Od roku akad. 1954/1955 obowiązywał pięcioletni program studiów zakończonych pracą magisterską. W 1979 r. przy Wydziale Farmaceutycznym utworzono Oddział Analityki Medycznej, z odrębnym pięcioletnim programem nauczania. Jego organizatorem był prof. biochemii Józef Chmiel (1924-1984).
Od roku akademickiego 1998/1999 kształcenie oparto na Europejskim Systemie Punktów Kredytowych, pozwalającym na uznawanie okresu studiów odbywanych w innych uczelniach w kraju lub zagranicą. W roku akad. 2004/2005 rozpoczęto kształcenie studentów farmacji w języku angielskim. W 2005 r. Wydział uzyskał siedziby dla trzech katedr w Coll. Kopernickiego przy ul. Święcickiego. Obecnie Wydział Farmaceutyczny posiada 17 katedr i zakładów, 7 pracowni i 1 laboratorium.
